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Epicypher的CUTANA™ Fiber-seq試劑盒上線啦！

更新時(shí)間：2026-01-12 點(diǎn)擊次數(shù)：179次

Epicypher的CUTANA™ Fiber-seq試劑盒上線啦！

細(xì)胞如何精確掌控基因的表達(dá)時(shí)空？其核心機(jī)制在于調(diào)控蛋白間錯(cuò)綜復(fù)雜的相互作用——這些蛋白協(xié)同決定了染色質(zhì)的可及性與三維構(gòu)象。這套精密的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)不僅塑造了細(xì)胞的身份特征，也維系著基因組的穩(wěn)定；一旦紊亂，便會(huì)誘發(fā)多種疾病。值得注意的是，基因調(diào)控主要作用于單個(gè)線性染色質(zhì)分子層面，因此要繪制完整的染色質(zhì)調(diào)控圖譜，亟需一種能在高分辨率下同步捕獲多重染色質(zhì)特征的技術(shù)，F(xiàn)iber-seq正是為實(shí)現(xiàn)這一愿景而誕生的創(chuàng)新方法。

什么是 Fiber-seq？

2020年, 華盛頓大學(xué)研究團(tuán)隊(duì)在“Single-molecule regulatory architectures captured by chromatin fiber sequencing" 一文中發(fā)表突破性成果, 正式推出Fiber-seq技術(shù)。該方法依托第三代測(cè)序平臺(tái)-PacBio HiFi, 可在核苷酸分辨率上解析長(zhǎng)達(dá)數(shù)千堿基的染色質(zhì)纖維初級(jí)結(jié)構(gòu)。

Fiber-seq 的核心優(yōu)勢(shì)在于能夠從單條染色質(zhì)纖維同步獲取遺傳與表觀遺傳圖譜。其策略是利用甲基轉(zhuǎn)移酶Hia5對(duì)開(kāi)放染色質(zhì)區(qū)域的腺嘌呤進(jìn)行甲基化, 生成N?-甲基腺嘌呤 (6mA) 標(biāo)記, 從而將染色質(zhì)可及性信息“ 印刻 "(stencil) 到DNA分子上。隨后,通過(guò)Pacific Biosciences^® (PacBio^®) HiFi或Oxford Nanopore Technologies^® (ONT) 等長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序技術(shù), 可在單個(gè)DNA分子上并行檢測(cè)這些人工引入的6mA標(biāo)記與內(nèi)源性DNA甲基化修飾, 實(shí)現(xiàn)真正的單分子多組學(xué)分析

如需購(gòu)買Epicypher公司產(chǎn)品，請(qǐng)聯(lián)系Epicypher授權(quán)代理商欣博盛生物。

Fiber-seq的工作流程

Fiber-seq 的工作流程簡(jiǎn)單且可擴(kuò)展(見(jiàn)下圖)：

Fiber-seq 的工作流程簡(jiǎn)單且可擴(kuò)展.jpg

● 標(biāo)記開(kāi)放染色質(zhì)：提取細(xì)胞核, 并與 CUTANA™ Hia5 短暫孵育10分鐘。該酶會(huì)對(duì)可接近的腺嘌呤進(jìn)行甲基化, 生成 N6-甲基腺嘌呤(6mA)。

● 建庫(kù)與測(cè)序：使用標(biāo)準(zhǔn)的長(zhǎng)讀長(zhǎng)文庫(kù)制備方法, 對(duì)基因組DNA進(jìn)行純化和建庫(kù), 適用于 PacBio 或 Nanopore 測(cè)序平臺(tái)。

● 分析長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序數(shù)據(jù)：長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序平臺(tái)能夠同時(shí)檢測(cè) “ 標(biāo)記 "(stenciled) 的甲基化信號(hào)和內(nèi)源性DNA甲基化, 從而生成單分子水平的染色質(zhì)特征圖譜。研究人員還可將數(shù)據(jù)匯總, 進(jìn)行群體水平的分析。

Fiber-seq 結(jié)果案例

Fiber-seq 結(jié)果案例.jpg

● 圖例所示為：CUTANA™ Fiber-seq 在人白血病細(xì)胞(K562)中同時(shí)檢測(cè)開(kāi)放染色質(zhì)(以N?-甲基腺嘌呤，即6mA標(biāo)記)和DNA甲基化(5mC)。該圖將Fiber-seq結(jié)果與ATAC-seq及CTCF CUT&RUN數(shù)據(jù)進(jìn)行了比較。CTCF是一種結(jié)合DNA的蛋白，可調(diào)控染色質(zhì)結(jié)構(gòu)，通常富集于開(kāi)放染色質(zhì)區(qū)域。Fiber-seq圖譜中的每條水平線代表一條長(zhǎng)讀長(zhǎng)序列，展示了來(lái)自60條獨(dú)立染色質(zhì)纖維的單DNA分子數(shù)據(jù)。

Epicypher的CUTANA™Fiber-seq試劑盒可以提供什么？

Fiber-seq技術(shù)為染色質(zhì)生物學(xué)、表觀基因組學(xué)及疾病機(jī)制研究開(kāi)辟了全新視角，應(yīng)用前景廣闊。為推動(dòng)該技術(shù)的普及應(yīng)用，Epicypher與PacBio合作，憑借其在表觀遺傳學(xué)領(lǐng)域的深厚積淀，已將CUTANA™ Hia5酶(貨號(hào): 15-1032-8rxn,15-1032-24rxn)商業(yè)化，并全新推出CUTANA™ Fiber-seq試劑盒(貨號(hào): 14-2001-8rxn,14-2001-24rxn)。該試劑盒包含從細(xì)胞出發(fā)、直至獲得可用于文庫(kù)構(gòu)建的純化DNA所需的全部關(guān)鍵試劑：

ltem	Cat. No.
CUTANA^TM Hia5 For Fiber-seg	15-1032
CUTANA^TM Fiber-seq Kit SAM	21-1034
CUTANA^TM Fiber-seq Kit Pre-1X Reaction Buffer	21-1033
CUTANA^TM Pre-Nuclei Extraction Buffer	21-1021
1 M Spermidine	21-1005
Proteinase K	15-1033
RNase A	15-1034
gDNA Spin Columns	10-0016
gDNA Collection Tubes	10-0017
gDNA Cell Lysis Buffer	21-1029
gDNA Binding Buffer	21-1030
gDNA Wash Buffer	21-1031
gDNA Elution Buffer	21-1032

推薦的Fiber-seq起始樣本量為：每反應(yīng)使用1,000,000個(gè)原代人細(xì)胞核。該試劑盒已成功應(yīng)用于凍存細(xì)胞核及輕度交聯(lián)的細(xì)胞核(有關(guān)最-新操作建議, 請(qǐng)參閱技術(shù)支持中心)。

Epicypher CUTANA™ Fiber-seq試劑盒的主要優(yōu)勢(shì)：

● 單次檢測(cè)，多組學(xué)洞察：Fiber-seq 可在一次實(shí)驗(yàn)中同時(shí)分析染色質(zhì)可及性、DNA甲基化和遺傳變異，將通常需要三種或更多獨(dú)立實(shí)驗(yàn)才能獲得的信息整合到一次長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序(long-read sequencing，LRS)實(shí)驗(yàn)中。

● 完整解決方案：該試劑盒包含從細(xì)胞出發(fā)、直至獲得可用于文庫(kù)構(gòu)建的純化DNA所需的全部關(guān)鍵試劑。

● 用戶友好資源：配套的《用戶手冊(cè)》可以提供詳細(xì)實(shí)驗(yàn)流程、質(zhì)量控制(QC)要點(diǎn)、常見(jiàn)問(wèn)題解答(FAQ)以及專家建議，助您快速上手；此外，經(jīng)過(guò)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的《快速啟動(dòng)卡》(Quick-Start Card)以簡(jiǎn)潔格式呈現(xiàn)操作步驟，便于實(shí)驗(yàn)臺(tái)旁隨時(shí)查閱。 (需要這些資源的友友們可以聯(lián)系Epicypher一級(jí)代理商欣博盛生物)。

● 輕松整合工作流程：Fiber-seq 可在常規(guī)長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序文庫(kù)制備前直接進(jìn)行，整個(gè)流程耗時(shí)不到2小時(shí)，并且所用試劑均經(jīng)過(guò)驗(yàn)證，與主流LRS平臺(tái)(如 PacBio 和 Oxford Nanopore)的文庫(kù)制備試劑盒兼容。

● 搭載 Hia5 6mA 甲基轉(zhuǎn)移酶：Hia5 是目前活性最-高的 6mA 甲基轉(zhuǎn)移酶，為 CUTANA Fiber-seq 試劑盒獨(dú)-家使用。這種高活性酶可顯著縮短孵育時(shí)間，從而實(shí)現(xiàn)更高分辨率的蛋白質(zhì)足跡檢測(cè)。

嚴(yán)格的質(zhì)量控制：每一批次產(chǎn)品均經(jīng)過(guò)嚴(yán)格的質(zhì)控檢測(cè)，確保各組分在您的研究中提供穩(wěn)定一致的結(jié)果。

Fiber-seq是一項(xiàng)突破性技術(shù), 能夠在單條染色質(zhì)纖維水平上同步繪制遺傳與表觀遺傳特征圖譜。僅需一次實(shí)驗(yàn), 即可獲得原本需整合ATAC-seq、ChIP-seq和亞硫酸氫鹽測(cè)序等多種方法數(shù)據(jù)才能實(shí)現(xiàn)的深度洞察。Epicypher的CUTANA™ Fiber-seq試劑盒提供的試劑可支持從細(xì)胞直接制備出適用于Pacific Biosciences^®(PacBio^®HiFi測(cè)序) 或 Oxford Nanopore Technologies^®（ONT^®納米孔測(cè)序）文庫(kù)構(gòu)建流程的純化基因組DNA。

Epicypher CUTANA™ Fiber-seq 試劑盒已全新上線 , 期待與您共創(chuàng)未來(lái) ！?

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